Người nộp thuế có thể thực hiện nộp thuế điện tử theo quy trình sau:

Bước 1: Người nộp thuế đăng nhập ứng dụng eTax Mobile.

Bước 2: Người nộp thuế tra cứu thông tin khoản nộp và chọn khoản nộp cần thanh toán.

Bước 3: Ứng dụng eTax Mobile nhận yêu cầu truy vấn thông tin khoản nộp và kiểm tra:

- Trường hợp có khoản nộp thì ứng dụng eTax Mobile hiển thị các thông tin tương ứng với điều kiện tra cứu:

+ Nếu tra cứu theo mã hồ sơ, thông tin khoản nộp bao gồm: Mã số thuế, tên người nộp thuế, mã số hồ sơ, số quyết định, số tiền, mã Kho bạc Nhà nước (KBNN) hạch toán thu, mã địa bàn hành chính (địa bàn thu ngân sách).

+ Nếu tra cứu theo mã số thuế, thông tin khoản nộp bao gồm: Mã số thuế, tên người nộp thuế, nội dung khoản phải nộp, số tiền phải nộp, loại tiền, tên tài khoản nộp Ngân sách Nhà nước (NSNN), mã tiểu mục, mã cơ quan quản lý thu, mã địa bàn hành chính, mã KBNN hạch toán thu.

- Trường hợp không có thông tin khoản nộp thì ứng dụng eTax Mobile hiển thị thông báo cho người nộp thuế được biết.

Bước 4: Người nộp thuế kiểm tra thông tin, xác nhận đồng ý nộp thuế.
Người nộp thuế có thể sửa số tiền nộp so với kết quả tra cứu được, trừ trường hợp nộp lệ phí trước bạ ô tô, xe máy, số tiền nộp phải đảm bảo khớp đúng với số tiền phải nộp NSNN do Tổng Cục Thuế cung cấp.

Bước 5: Người nộp thuế chọn ngân hàng thương mại để thực hiện thanh toán.
Ngân hàng thương mại thực hiện kiểm tra và trích nợ tài khoản của người nộp thuế:
- Trường hợp số dư Tài khoản của Người nộp thuế không đủ để thực hiện giao dịch thì ngân hàng hiển thị thông báo trên màn hình giao diện.
 - Trường hợp số dư tài khoản của người nộp thuế đủ điều kiện thực hiện giao dịch thì Ngân hàng thực hiện trích nợ tài khoản và gửi kết quả giao dịch cho Người nộp thuế, không quá 05 phút ngân hàng thanh toán phải gửi chứng từ nộp NSNN thành công có chữ ký số của ngân hàng cho người nộp thuế đồng thời gửi thông tin chứng từ thu NSNN thành công về ứng dụng eTax Mobile.