Nghị định 89/2012/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung quy định về giá trị, thời hạn chứng chỉ hành nghề dược: chứng chỉ hành nghề dược được cấp một lần, có giá trị trong phạm vi cả nước. Đối với chứng chỉ hành nghề dược đã cấp với thời hạn 05 năm, khi hết hạn, cá nhân phải làm thủ tục cấp lại chứng chỉ hành nghề dược tại cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Mỗi cá nhân chỉ được cấp một chứng chỉ hành nghề dược và chỉ được quản lý chuyên môn tại một địa điểm kinh doanh thuốc.

  

Quy định các trường hợp trả lại chứng chỉ hành nghề dược: cơ sở kinh doanh thuốc thay đổi người quản lý chuyên môn về dược; cơ sở kinh doanh thuốc chấm dứt hoạt động kinh doanh; cơ sở nộp hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh thuốc nhưng nhận được văn bản trả lời không cấp của cơ quan tiếp nhận hồ sơ; cá nhân xin cấp lại chứng chỉ hành nghề dược (đối với các chứng chỉ đã cấp có thời hạn 05 năm).